Chakra (チャクラ, chakura) é essencial até mesmo para as técnicas mais básicas; ele é feito moldando a energia física (身体エネルギー, shintai enerugī) presente em cada célula do corpo e a energia espiritual (精神エネルギー,seishin enerugī) adquirida do exercício e a experiência. Assim que moldado, ele pode ser canalizado através do sistema circulatório de chakra, que para o chakra é o que o sistema circulatório é para o sangue, para qualquer um dos 361 pontos de chakra (chamados tenketsu) no corpo. Por meio de vários métodos, sendo o mais comum osselos de mão, o chakra pode ser manipulado para criar um efeito que não seria possível de outro jeito, como por exemplo andar sobre a água, exalar fogo ou criar ilusões.
Moldando diferentes taxas das duas energias, novos tipos de chakra podem ser formados. A maioria dos ninjas possuem uma afinidade natural a um tipo de chakra, mas eles têm a capacidade de criar chakra elementar além da sua própria afinidade. Existem cinco tipos básicos, cada um mais forte e mais fraco que o outro, mas suas forças, fraquezas e relações com cada um são todas exploradas. Também há o uso do Yin e Yang e o balanceamento das energias físicas e mentais. Além desses cinco elementos, certas kekkei genkai podem misturar chakra elementares para formar novas naturezas, como, por exemplo, é possível combinar água e vento em gelo. Enquanto muitos ninjas podem usar mais de um tipo de chakra, muitos poucos podem usá-los simultaneamente.
Chakra leva tempo e uma grande quantidade de treino para se desenvolver gradualmente. Assim, a chave não é na verdade ter chakra, mas ser capaz de controlá-lo suficientemente e conservá-lo. Todos possuem chakra, mas apenas ninjas experientes podem “moldá-lo” e “manipulá-lo” corretamente até sua extensão máxima. Moldagem do chakra envolve a extração das energias de ambas as células do corpo e da consciência da mente, em seguida misturando-as juntas dentro do indivíduo. A quantidade de cada energia diferenciará baseada no tipo de técnica que o ninja deseja executar. Em outras palavras, o ninja poderia criar muito ou pouco chakra para uma dada técnica, resultando em um uso ineficiente do chakra. Além disso, até mesmo quando um ninja pode moldar a quantidade correta de chakra, se ele não pode manipulá-lo apropriadamente, a técnica desejada ou não será tão efetiva ou não será executada. Gasto de energia também criará fraquezas como exaustão precoce, que pode comprometer a capacidade do ninja em batalhas de longa duração. Métodos de treinamento geral para melhorar a moldagem e manipulação de chakra incluem os exercícios Prática de Concentração da Folha, Ki Nobori no Shugyō e Suimen Hokō no Gyō.