Todas as vilas adotam um método de formação ninja regido por etapas ou níveis de graduação, e através desses níveis é possível avaliar o patamar de habilidade que determinado ninja se encaixa. Existem também algumas exceções de classes Shinobi que não são comuns, como o trio dos 'Sannins lendários'. Abaixo segue-se a lista de Graduação e suas variações:
A Academia Ninja é onde se molda todo o conhecimento Base sobre o que é ser um Ninja. Lá é ensinado todos os ideais da vila e todo o conhecimento que um Shinobi necessita, incluindo o manuseio de alguns armamentos ninja básicos como a Kunai e a Shuriken. A maior parte do estudo é teórico, mas o aluno também deve aprender alguns dos Jutsus básicos como o Henge no jutsu (Justsu de Transformação) e o Bunshin no jutsu (Jutsu de clonagem). O aluno deve cursar a Academia ninja normalmente entre os 6 e os 12 anos de idade.
